簡單介紹小麥全外顯子捕獲技術(shù)的作用
更新時間:2023-04-19 點擊次數(shù):1428次
小麥全外顯子捕獲是一種基于高通量測序的技術(shù),可以快速檢測小麥基因組中的所有外顯子區(qū)域。它可以用于對小麥基因組的進一步研究,包括遺傳多樣性分析、功能基因組學(xué)、耐旱、耐鹽等重要農(nóng)業(yè)特性的研究。此外,小麥全外顯子捕獲也可以用于診斷小麥中的基因突變,以便培育更高產(chǎn)、更健康和更適應(yīng)不良環(huán)境的小麥品種。
小麥全外顯子捕獲技術(shù)優(yōu)點多多。首先,它能夠高效地鑒定小麥基因組中的各種遺傳變異,包括單核苷酸多態(tài)性(SNP)、插入和缺失變異以及基因重排等。其次,它能夠快速地獲得大規(guī)模的基因組數(shù)據(jù),為小麥基因組的功能研究提供重要的數(shù)據(jù)支持。最后,小麥全外顯子捕獲技術(shù)還可用于小麥品種鑒定,保護小麥種質(zhì)資源,為小麥育種和生產(chǎn)提供重要的輔助技術(shù)。
相比于其他基因測序技術(shù),小麥全外顯子捕獲技術(shù)也存在一些限制。首先,該技術(shù)需要依賴高質(zhì)量的全基因組參考序列,否則會影響數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性和可靠性。其次,小麥基因組非常復(fù)雜,存在著豐富的多態(tài)性和復(fù)雜的基因重排,因此,在進行數(shù)據(jù)分析和解讀時,需要利用多種分析工具和數(shù)據(jù)庫進行驗證和比對,以保證數(shù)據(jù)分析的可靠性和精度。
myBaits Expert Wheat Exome與國際小麥基因組測序聯(lián)盟(IWGSC)合作開發(fā),使用了IWGSC發(fā)布的中國春基因組和注釋信息。靶向六倍體小麥中完整的高置信度且有基因注釋的外顯子區(qū)域,能夠全面、統(tǒng)一、可靠地深入覆蓋大干15 Gb的小麥基因組中超過250 Mb的CDS及其鄰近區(qū)域。該panel包含兩百多萬條探針,運用優(yōu)化算法設(shè)計,并經(jīng)過實驗進一步優(yōu)化,兼容市面上已知的文庫制備方法及測序平臺。與全基因組測序相比,該panel大大降低了外顯子組研究的測序和分析成本。